剧情：继前作假面骑士空我结束之后两年的世界，平成系假面骑士第二作。虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久维持下去，世界各地再度出现人类离奇死亡的案件展开

剧情：继前作假面骑士空我结束之后两年的世界，平成系假面骑士第二作。虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久维持下去，世界各地再度出现人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手似乎是拥有人类所无法匹敌的能力神秘种族，警方称之为Unknown(超越生命体）。与之前未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，Unknown都选择超能力者作为下手对象，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。另一方面主角津上翔一是一个失去记忆的开朗少年，在海上漂流的时候被美杉教授给捡了回来，与美杉教授的儿子正太和侄女真鱼一起生活。但隐藏在翔一可爱天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄－AGITO。